ホームページのターゲットとしている方や、該当のサービスを利用されている方の総称です。一般消費者のことを指す場合が多いですが、BtoBのホームページであれば企業(その担当者)を指すことがあります。Googleアナリティクスなどの分析ツールの場合は、ページを閲覧した方もユーザーに含まれます。
ホームページの運営者からみると「お客様」=「ユーザー」に違いありませんが、制作会社の立場になりますと、「お客様」はご依頼いただいているクライアント企業様になるため、
・ご依頼いただいているお客様を「クライアント」
・ホームページ等を利用されている方を「ユーザー(エンドユーザー)」
と使い分けることが多いです。